Stories of my research papers
Kubota and Suyama, PLoS Comp. Biol., 2022
転写制御とスプライシングの関係について興味があり、色々調べていたらRNA-seqデータからプロモーター活性をある程度推定できることを知った。推定したプロモーター活性を量的形質として捉えQTL解析を行えば、プロモーター活性を制御するゲノムバリアント（puQTL）を同定できるのでは、と着想したのが最初で、それが2021年の夏頃だった気がする。それから解析・論文執筆を行い、2022年の3月に投稿した。5月から留学することが決まっていたのでその準備もあって忙しかったが、留学先に仕事を持ち込みたくない一心でがんばった。最初はeLifeに投稿してエディターキック、ただ有意義なコメントをもらえた、やっぱりちゃんと読んでくれてるんだなと思った。次に投稿したPLoS Comp. Biol.に一回のリバイズを経てアクセプト。正直思ってたよりすんなり通った印象だった。立案からアクセプトまで一人でやりきったぞ感がこれまでで一番大きく、結構自信がついた。このテーマについてはまだまだ改善点や応用研究が残されているので、今後の研究の軸の一つに育っておくれ、という気持ちでいる。
Kubota and Suyama, BMC Med. Genomics., 2020
博士論文の基になった投稿論文。リジェクトまみれで大変だった記憶があるが、詳細は忘れてもた。いつか色々書く。
Kubota et al., Biochem. Biophys. Res. Commun., 2018
最初の筆頭著者論文。修士論文ではマウス生殖腺において性差維持を司るDmrt1遺伝子のエンハンサーを推定し組織間のDNAメチル化状態を比較しましたよ〜みたいなことを書いたが、なんだか釈然としないまま修了してしまった。研究分野をDryに変更して九州大学の博士課程に進学したあと、Hi-Cデータをなんとなく眺めていたら、エンハンサー領域がDmrt1ではなくその隣に位置するDmrt3と空間的に近接していることがわかり、そこからDmrt3についての論文を調べ、最終的にこのエンハンサー領域の欠損が遺伝性脳性麻痺の発症に関与する可能性を指摘することができた。